POP = conecta o programa de e-mail ao servidor e faz o download das mensagem somente da pasta de Entrada e excluí automaticamente do servidor. Ou seja, ao configurar o programa de e-mail com POP você vai receber as mensagens da caixa de entrada no dispositivo (seu computador ou smartphone por exemplo) e será deletado do servidor a mesma mensagem. 

Então NÃO é indicado para quem quer acessar as mensagens de vários dispositivos. 

Indicação de uso: realizar backup de conteúdo da sua conta de e-mail e liberar espaço na sua conta no servidor.

IMAP = sincroniza as mensagens entre servidor e dispositivo. Tudo o que você vê no programa de e-mail, verá também no servidor. É um espelhamento de todas as pastas do servidor.

Indicação de uso: uso diário, maior segurança e organização.